Il complesso comprende il Museo Archeologico e il Museo d'Arte Medioevale e Moderna, la Cappella degli Scrovegni, il Museo di arti applicate e il Museo Bottacin, ospitati nella sede separata di Palazzo Zuckermann e il Museo del Risorgimento e dell'Età contemporanea, allestito nel Piano Nobile del Caffè Pedrocchi.

Si tratta del più antico complesso museale veneto, attivo dai primi decenni dell'Ottocento: nel 1825 l'Abate Giuseppe Furlanetto allestì il primo nucleo del Museo Archeologico nel Palazzo della Ragione.

In seguito, con la crescita delle collezioni, la sede venne spostata al Museo al Santo, che rimase in uso fino al 1970.

L'attuale sede nei Chiostri del Convento degli Eremitani fu inaugurata nel 1985 e poi ampliata con l'apertura di nuove sale tra il 1997 e il 2002.

Museo Archeologico

Il Museo Archeologico raccoglie importanti collezioni di reperti di epoca paleoveneta, preromana e romana che documentano la vita nell'agro patavino dalla protostoria all'età romana.

Il Museo include inoltre una sezione egizia, che fu realizzata con le donazioni dell'esploratore padovano Giovan Battista Belzoni, a cui è dedicata una postazione multimediale dove è possibile scoprirne le gesta.

Il percorso inizia con reperti di epoca preromana, provenienti da necropoli patavine, databili dall'Ottavo al Terzo secolo avanti Cristo, vasi decorati risalenti al terzo periodo atestino, stele paleovenete, oggetti votivi, bronzetti etruschi, italici e paleoveneti.

La sezione romana presenta numerose testimonianze dell'antica Patavium, come il bellissimo busto di Sileno, il cippo funerario della giovane danzatrice Claudia Toreuma, la monumentale edicola funeraria dei Volumnii, e numerosi mosaici di epoca tardo-romana.

Le due sale della sezione egizia includono due statue raffiguranti la dea leontocefala Sekhmet, scoperte durante l'esplorazione di Tebe, e alcuni papiri in aramaico che rinvenne nell'isola Elefantina. A Belzoni si devono anche le due sfingi che ornano la porta d'accesso al Salone del Palazzo della Ragione.

Il chiostro invece ospita la ricca collezione lapidaria, costituita da colonne, trabeazioni, capitelli, fregi, elementi architettonici, per lo più rinvenuti nella zona dei Colli Euganei.

Museo di Arte Medioevale e Moderna

Il Museo d'Arte Medioevale e Moderna ospita una Pinacoteca che dispone di più di 3.000 opere (di cui circa un quarto sono esposte), realizzate dai grandi maestri della pittura italiana, e un'ampia collezione di sculture e frammenti decorativi e architettonici.

Le sale dedicate al Trecento includono il Crocifisso di Giotto, opera dell'inizio del Trecento, che prima si trovava sopra l'altare della Cappella degli Scrovegni, e alcuni dipinti su tavola del Guariento, tra cui gli "Angeli" provenienti dalla Cappella della Reggia Carrarese.

L'arte padovana del Quattrocento è ben rappresentata da Francesco Squarcione - va citato in particolare il "Polittico De Lazara" - e la sua bottega, presso cui lavorava un giovane Andrea Mantegna.

Tra i tanti capolavori del Cinquecento spiccano "Nascita di Adone e "Selva di Polidoro", due dipinti ad olio su tavola di Tiziano, la "Madonna col Bambino" di Boccaccio Boccacini, alcuni dipinti del Veronese, la "Cena in casa di Simone" e "La Crocifissione" del Tintoretto.

Per il Settecento vanno ricordati "San Giuseppe col Bambino", "Madonna", "Cristo nell'orto degli ulivi" di Giambattista Tiepolo.

Sempre all'interno della Pinacoteca sono visibili sculture che vanno dal Medioevo ad Antonio Canova, di cui sono presenti i marmi " Alvise Valaresso in veste di Esculapio ", "Giovanni Poleni", e la "Stele Giustiniani".

All'interno del Museo si trova anche la sala multimediale dedicata all'opera di Giotto nella Cappella degli Scrovegni, con sette postazioni multimediali che introducono i visitatori alla conoscenza degli affreschi e del contesto storico artistico in cui ha operato Giotto.

I Musei Civici dispongono anche di un Gabinetto Fotografico che raccoglie oltre 36.000 negativi, 2000 diapositive e molti positivi riguardanti la città oppure frutto di donazioni di fotografi padovani.